Jeszcze ponad 500 lat temu na terenach dzisiejszego Zakopanego rósł gęsty, dziewiczy las. Człowiek, osiedlając się w tym miejscu, najpierw musiał wykarczować teren. Najprawdopodobniej jedna z pierwszych polan otrzymała nazwę „Kopana” od sposobu, w jaki została pozyskana. Kolejna polana nazywana była „za Kopaną”. Od nazwy tej jednej z polan wywodzi się dzisiejsza nazwa miasta – Zakopane.
Legenda głosi również, że nazwa została nadana przez pasterza, który szukał miejsca najdogodniejszego do osiedlenia się. W miejscu dzisiejszego Zakopanego zakopał ziarnko zboża, które wyrosło i dało początek nowej miejscowości, nazwanej właśnie na cześć tego wydarzenia.
Miejscowość do XVIII wieku nie wyróżniała się niczym w porównaniu z sąsiednimi wsiami. W południowej części Zakopanego działał już niewielki zakład hutniczy. Rozkwit części przemysłowej Zakopanego przypada na okres panowania rodu Homolaczów, którzy zakupili te dobra, odkryli w Tatrach nowe złoża rudy żelaza i poczynili duże inwestycje, prowadząc dobrze prosperującą hutę. Podróżujący w Tatry zatrzymywali się w Kuźnicach w nowopowstałym dworze rodziny Homolaczów – bywali tam nawet książęta z rodu Habsburgów. W tym czasie część wiejska Zakopanego była wsią jak każda inna na Podhalu. W 1847 roku, dzięki inicjatywie i funduszom Klementyny i Edwarda Homolaczów, powstał pierwszy kościół parafialny na Pęksowym Brzyzku, a proboszczem został cieszący się dużym autorytetem ksiądz Józef Stolarczyk.
Druga połowa XIX wieku przyniosła Zakopanemu znaczące zmiany. Wyczerpujące się złoża rudy żelaza przyczyniły się do upadku Kuźnic, natomiast w części wiejskiej miejscowa ludność, za namową księdza Stolarczyka, zaczęła dostosowywać swoje domostwa do przyjmowania pierwszych letników. Pierwsi turyści zaczęli przyjeżdżać już od drugiej połowy XIX wieku.
Za osobę, która wyniosła Zakopane na salony, uważa się dra Tytusa Chałubińskiego, który latem 1873 roku przyjechał pod Tatry na wakacje. W tym samym czasie wybuchła epidemia cholery. Mimo braku leków doktor zdecydował się pozostać i leczyć miejscową ludność, powstrzymując rozprzestrzenianie się epidemii oraz wprowadzając podstawy higieny wśród górali. Zyskał tym sympatię i szacunek mieszkańców, a spędzając co lato wakacje w Zakopanem, dostrzegł właściwości klimatyczne regionu.
Za jego rekomendacją do Zakopanego zaczęło przyjeżdżać coraz więcej letników, co przyczyniło się do gwałtownego rozwoju miejscowości. W 1873 roku powstało Towarzystwo Tatrzańskie, którego celem była popularyzacja regionu, ochrona dzikich zwierząt i poprawa infrastruktury turystycznej (budowa schronisk, wytyczanie i znakowanie szlaków). Dzięki inicjatywie organizacji w Zakopanem powstało pierwsze oświetlenie, chodniki oraz Dworzec Tatrzański, pełniący funkcje centrum kulturalnego.
W 1898 roku dobra zakopiańskie zostały zakupione przez hrabiego Władysława Zamoyskiego, który przyczynił się do rozwoju miasta, budując wodociągi, szkoły, pocztę i muzea. Dzięki jego inicjatywie do Zakopanego doprowadzono kolej, co znacznie ułatwiło podróż. W tym okresie, z inicjatywy Stanisława Witkiewicza, powstały pierwsze budynki w stylu zakopiańskim, które do dziś charakteryzują architekturę miasta.
W czasie zaborów Zakopane znajdowało się pod panowaniem Austro-Węgier. Pod koniec XIX wieku w Galicji panowała bieda, ale jednocześnie wolność polityczna była największa spośród trzech zaborów. Do Zakopanego przyjeżdżali malarze, pisarze i politycy, a miejscowość stała się centrum spotkań elit intelektualnych Polaków ze wszystkich zaborów. Wśród bywalców byli m.in. Stefan Żeromski, Henryk Sienkiewicz, Jan Kasprowicz, Leopold Staff, Maria Konopnicka, Ignacy Jan Paderewski, Stanisław Witkiewicz i Maria Skłodowska-Curie.
Podczas okupacji hitlerowskiej wielu mieszkańców Zakopanego działało w podziemiu jako kurierzy tatrzańscy. Byli to wspinacze, sportowcy, taternicy oraz przewodnicy, którzy dostarczali dokumenty, pieniądze oraz przeprowadzali ludzi przez Tatry do baz przerzutowych na Węgrzech. W przypadku nakrycia przez Niemców ryzykowali życiem. Okupanci utworzyli w Zakopanem i Tatrach zamknięty teren przeznaczony jako kurort dla niemieckich żołnierzy. W Hotelu Palace prowadzono brutalne przesłuchania więźniów, w wyniku czego budynek nazwano „katownią Podhala”.